Il Sistema di Interscambio con il controllo delle fatture elettroniche verifica che siano presenti al loro interno almeno le informazioni minime obbligatorie previste dalla legge (art. 21 ovvero 21-bis del DPR n. 633/1972), ossia gli estremi identificativi del fornitore e del cliente, il numero e la data della fattura, la descrizione della natura della fattura, quantità e qualità del bene ceduto o del servizio prestato, l’imponibile, l’aliquota e l’IVA.
Con la verifica di una fattura elettronica si attesta che i valori della Partita IVA del fornitore (cedente/prestatore) e della Partita IVA oppure del Codice Fiscale del cliente (cessionario/committente) siano esistenti e che sia inserito l’indirizzo telematico dove recapitare il file, cioè che sia compilato il campo "Codice Destinatario". Infine, la verifica di una fattura elettronica da parte dello SdI attesta che ci sia coerenza tra i valori dell’imponibile, dell’aliquota e dell’IVA.